Rinascimento del monastero
Quando all'inizio degli anni '80 fu permesso di aprire un monastero a Mosca per monaci maschi il Patriarca Pimen scelse Monastero dell'Intercessione; tuttavia alle autorità risultò più comodo liberare il Monastero Danilovskiy, dove precedentemente si trovava una colonia per bambini; di conseguenza questo monastero fu aperto prima. In seguito iniziarono ad aprirne nuovi; al momento dell'apertura del Monastero dell'Intercessione a Mosca ne erano attivi quattro per monaci maschi e tre per monache donne. Nel 1994 il Patriarca Aleksiy II diede la benedizione per aprire nel Monastero dell'Intercessione una parte per monache donne, istituita per ordine del Sacro Sinodo tenutosi il 24 novembre 1994. Per decisione del Patriarca di Mosca e di tutte le Russie Aleksiy II il 22 febbraio 1995 Olga (Miskina), sorella che precedentemente abitava nel Monastero Serafimo-Diveevskij, fu decretata badessa. Il 14 aprile dello stesso anno il Patriarca Aleksey II la nominò monaca e la chiamò Feofaniya in onore di Santa Feofaniya Beata.
Davanti agli occhi di Feofaniya e delle prime sorelle, trasferitesi al monastero, lo spettacolo fu decisamente deprimente. Le chiese e gli edifici si trovavano in pessimo stato, ogni metro quadrato dell'area era occupato da diverse organizzazioni sia statali che commerciali. Ma alle sorelle accorse l'aiuto di Dio e piano piano gradualmente il monastero cominciò a rinascere. Per ciò che riguardò la chiusura e la rimozione dai vari punti del monastero dei negozi di commercianti e lavoratori e per la chiusura dei luoghi pubblici destinati allo svago, le sorelle ricevettero consistente aiuto dall'allora prefetto della zona centrale della capitale, A. I. Muzjkantsckiy.
A fine marzo del 1995 fu registrato il regolamento giuridico del monastero, anche se di fatto la prima area del monastero fu giuridicamente restituita solo il 1° ottobre 1995. Questa era la cappella del reverendo Nil Stolobensckiy che si trovava al piano terra della Chiesa dell'Intercessione. In tempo per la festa dell'Intercessione fu riabilitata e il 14 ottobre 1995 dopo tanti anni si tenne il primo servizio per l'Intercessione della Santa Madre di Dio.
All'inizio di settembre dnel 1996 una sentenza del governo di Mosca decretò la consegna al monastero degli edifici e territori facenti precedentemente parte del Monastero dell'Intercessione, e dopo poco tempo il Patriarca Aleksiy II visitò per la prima volta il luogo. Il 13 ottobre 1996 il Patriarca vide tutti gli edifici del monastero e celebrò una veglia notturna durante la vigilia della festa dell'Intercessione della Santa Madre di Dio. Visti i grandi sforzi messi in atto dalla Badessa per la rinascita del monastero, questa venne premiata con una croce pettorale.
Successivamente il Patriarca Aleksiy II iniziò a visitare più spesso il monastero e la restituzione dei vari edifici al monastero incrementò notevolmente: appena dopo una settimana fu liberata e ripristinata la Chiesa della Resurrezione, dove precedentemente si trovava una palestra, allo stesso modo gli altri edifici tornarono gradualmente a far parte del monastero. Le sorelle che prima vivevano e pregavano nel piano inferiore della Chiesa dell'Intercessione finalmente si spostarono negli edifici liberati.
Il 4 aprile 1998, durante la festa della Lode alla Santa Madre di Dio, il Patriarca Aleksiy II celebrò la prima cerimonia liturgica nel monastero dopo la quale furono santificate tre cappelle del piano inferiore della Chiesa dell'Intercessione. All'inizio della cerimonia, per gli sforzi messi in atto per il rinascimento del monastero (la rapida restituzione delle terre e degli edifici del monastero, oltre al loro ripristino e restauro), la badessa fu nominata egumenia. Alla fine della cerimonia liturgica il Patriarca santificò le croci che furono successivamente installate nelle cupole delle Chiese dell'Intercessione e della Risurrezione.
Durante la primavera del 1998 l'ultima attività commerciale fu chiusa e metaforicamente parlando tutte le attività mondane lasciarono definitivamente il monastero. In quel periodo inoltre si tenne uno dei più importanti eventi nella storia del monastero risorto: il 1° maggio 1998 vennero trasferiti qui i resti di Matrona Beata.
Nel 1999 il Patriarca Aleksiy II santificò tre cappelle del primo piano della Chiesa dell'Intercessione. Il 22 novembre 2001 il Patriarca Aleksy II santificò la Chiesa della Risurrezione del monastero.
Negli ultimi anni sono stati completamente restaurati tutti gli edifici, le mura e le torri che recintavano il monastero e il territorio fu risistemato (sono stati piantati alberi, fiori, creati vialetti e messe panchine per i fedeli). Inoltre, è stato aperto il refettorio da 200 posti.
Il 23 luglio 2015 il Patriarca di Mosca e di tutte le Russie Kirill santificò il nuovo edificio dell'albergo del monastero per i pellegrini che vengono a rendere omaggio alle sante reliquie di Matrona Beata di Mosca.