Renacimiento
Cuando a principios de la década de 1980 fue permitido abrir el convento masculino en Moscú, la elección del Patriarca Pimen cayó para el convento de Pokrovsky; sin embargo, para las autoridades resultó más fácil liberar el Monasterio Danilovsky, donde estaba en aquel momento un albergue tutelar para menores infractores, y que fue abierto primero. Entonces otros conventos comenzaron a abrirse; cuando se abrió el convento de Pokrovsky, en Moscú había cuatro monasterios masculinos y tres femeninos. En 1994 el Patriarca Alexy II bendijo la renovación de la casa de beneficencia para las mujeres en el convento de Pokrovsky, establecida por la definición del Santo Sínodo desde 24 de noviembre de 1994. Por decisión del Patriarca de Moscú y de toda Rusia, Alexy II, desde 22 de febrero de 1995 la monja del monasterio Seraphim-Diveevsky, Olga (Miskina), fue nombrada como la madre superiora del convento. El 14 de abril del mismo año recibió una tonsura monástica, que fue realizada por Su Santidad el Patriarca Alexy II, con el nombre en honor de la bendita zarina Feofania.
A ojos vistas de la madre Feofania y los primeros habitantes que llegaron al lugar de su obediencia apareció un panorama desolador. Los templos y edificios del convento estaban en malas condiciones, cada metro cuadrado de las instalaciones del convento estaba ocupado por alguna organización estatal o comercial. Pero la ayuda de Dios acompañó a las hermanas, y gradualmente, paso a paso, el convento comenzó a renacer. Aquel prefecto del Distrito Central de la capital, A. I. Muzykantsky, proporcionó una gran ayuda para resolver los problemas de exención de las plazas del convento de los inquilinos y del cierro de la pista de baile.
A finales de marzo de 1995 fue registrada la carta legal del convento, sin embargo, las primeras instalaciones del convento se transfirieron solo el 1 de octubre de 1995. Era la capilla del monje Nil Stolobensky, ubicada en la planta baja del convento de Pokrovsky. Ya fue liberado para la intercesión, y el 14 de octubre de 1995 se celebró el primer (durante muchos años) tedéum por el manto de la Virgen del Perpetuo Socorro.
A principios de septiembre de 1996 se emitió un decreto del gobierno de Moscú sobre la transferencia de los edificios y construcciones conservadas del antiguo convento de Pokrovsky al monasterio, y pronto Su Santidad el Patriarca Alexy II visitó el monasterio por primera vez. El 13 de octubre de 1996 Su Santidad observó los edificios del monasterio y realizó una vigilia durante toda la noche en la víspera de la fiesta del manto de la Virgen del Perpetuo Socorro. Por su arduo trabajo en el renacimiento del monasterio la madre superiora recibió una cruz pectoral.
Después de aquel visita al monasterio por Su Santidad Patriarca Alexy II la transferencia de los edificios del convento se aceleró significativamente: una semana después el templo de la Resurrección fue liberado, donde antes se encontraba el gimnasio; otros edificios también fueron transferidos gradualmente al monasterio. Las hermanas que inicialmente vivían y rezaban en el piso inferior del convento de Pokrovsky finalmente se mudaron a las instalaciones desocupadas.
El 4 de abril de 1998 con motivo de la alabanza a la Madre de Dios, Su Santidad el Patriarca Alexy II realizó por primera vez la liturgia divinal en el monasterio, que fue precedida por la consagración del gran grado de las tres capillas del piso inferior del convento de Pokrovsky. En la Gran Entrada la madre superiora fue elevada al rango de abadesa por su trabajo en el renacimiento del monasterio (la transferencia rápida de terrenos y edificios al monasterio, su decoración). Al final de la liturgia Su Santidad bendijo las cruces, que luego fueron instaladas en las cúpulas de los templos de Pokrovsky y de Resurrección.
En la primavera de 1998 la última institución secular abandonó las paredes del monasterio. Y luego tuvo lugar uno de los eventos más importantes en la vida del monasterio: el 1 de mayo de 1998 los restos honestos de la bendita Matrona fueron transferidos allí.
En 1999 Su Santidad el Patriarca Alexy II consagró los pasillos de las tres capillas del segundo piso del templo de Pokrovsky. El 22 de noviembre de 2001 Su Santidad el Patriarca Alexy II consagró el templo de la Resurrección del convento.
En los años siguientes los edificios del monasterio, los muros y las torres de la valla del convento fueron completamente restaurados, el territorio fue acondicionado (se plantaron árboles, flores, se hizo una acera perimetral de los caminos, se instalaron bancos para los feligreses). Se abrió un refectorio monasterial para 200 personas.
El 23 de julio de 2015 Su Santidad el Patriarca de Moscú y Toda Rusia KIRILL consagró el nuevo edificio del hotel monasterial para los peregrinos que vienen a adorar las reliquias sagradas de la bendita anciana Matrona de Moscú.